中腹エリア
法堂（本堂）
曹洞宗本尊 釈迦如来、道元禅師、瑩山禅師（一仏両祖）をお祀りしております。
仏舎利塔
昭和六十一年（1986）ビルマ（現ミャンマー）政府より、平成元年（1989）インド仏教会より奉納いただいた仏舎利（お釈迦様のお遺骨）をお祀りしております。令和七年(2025)、日本寺開創千三百年の年に落慶しました。
瓦葺、八角形の三重塔は日本唯一の建築物です。（令和七年現在）
頼朝蘇鉄
源頼朝が再起を図った折に日本寺で武運を祈願し、自ら蘇鉄を手植えしたと伝えられる大蘇鉄です。
樹齢800年を超えています。
日本寺鐘（国指定重要文化財）
鐘銘には、初めに下野国佐野庄堀籠郷（栃木県佐野市掘米町） の天宝寺鐘として寄進され、60年を経て鎌倉五山の浄妙寺鐘となり、江戸湾を渡って日本寺鐘となった経緯が書かれてあります。
平成31年9月の台風により、鐘楼が修復不能な被害を受けた為、現在は法堂鐘として、法堂内にて保管しております。
薬師本殿（醫王殿）
昭和十四年の大火によって焼失された後、復興計画の元、平成十九年に再建され、長い間仮本堂にあった日本寺の御本尊が移されています。
大黒堂
昭和十四年の大火によって焼失された後、復興計画の元、平成十七年に再建されました。弘法大師の彫られたと言い伝えられている大黒尊天が祀られています。（御前立は現代の名工渡辺貞光作）
通天窟
当山曹洞九世高雅愚伝禅師と道元禅師、瑩山禅師を祀る。
